Theo kết luận, tính đến thời điểm thanh tra, tổng số vốn đã giao thực tế cho các dự án là hơn 14.000 tỷ đồng trên tổng số hơn 17.000 tỷ đồng kế hoạch vốn. Tổng giá trị khối lượng xây lắp hoàn thành đã nghiệm thu của các dự án gần 14.000 tỷ đồng.
Việc đầu tư các dự án giao thông đã hoàn thành khoảng 70% khối lượng công việc, góp phần khắc phục ách tắc giao thông và từng bước đồng bộ các tuyến tránh, kết nối Quốc lộ 1A và đường Hồ Chí Minh.
Tuy nhiên, qua thanh tra một số nội dung tại các dự án, Thanh tra Chính phủ cũng phát hiện nhiều khuyết điểm, vi phạm.
Cụ thể, về việc quản lý, sử dụng vốn dư, Thanh tra cho rằng, Bộ GTVT và Bộ KH&ĐT trình Thủ tướng Chính phủ giao danh mục dự án đầu tư và kế hoạch vốn tiếp tục còn dư cho các dự án, trong đó, có 8 dự án chưa đủ điều kiện.
Ngoài ra, Bộ GTVT đã giao Sở GTVT các tỉnh làm chủ đầu tư 19 dự án nhưng chưa làm rõ năng lực của các Ban Quản lý dự án thuộc Bộ, năng lực quản lý của Sở GTVT các tỉnh trước khi giao nhiệm vụ.
Về công tác quản lý đầu tư xây dựng, Thanh tra Chính phủ cho biết, Công ty CP Tư vấn Xây dựng giao thông Kon Tum và Sở GTVT Kon Tum đã lập, trình để Bộ GTVT phê duyệt chủ trương đầu tư Dự án tuyến đường tránh TP Kon Tum, quy mô đầu tư đường cấp IV không phù hợp, không đúng quy định dẫn đến phải phê duyệt điều chỉnh quy mô thành đường cấp III.
Tại dự án thành phần đầu tư xây dựng tuyến đường kết nối giữa đường cao tốc Cầu Giẽ, tỉnh Ninh Bình với Quốc lộ 1A, Bộ GTVT phê duyệt tổng mức đầu tư không đúng, dẫn đến giao vốn vượt nhu cầu của dự án. Tính đến thời điểm thanh tra, vốn tồn đọng là hơn 926 tỉ đồng.
Tại dự án đầu tư mở rộng các cầu trên Quốc lộ 1A, đoạn qua tỉnh Tiền Giang, Bộ GTVT phê duyệt trên cơ sở kết quả khảo sát, thiết kế không sát với thực tế, lựa chọn phương án xây dựng các đơn nguyên cầu mới bên cạnh cầu cũ làm thay đổi cục bộ hướng tuyến so với quy hoạch đã được Thủ tướng phê duyệt khi chưa thực hiện thủ tục điều chỉnh.
Về việc lựa chọn nhà thầu, Bộ GTVT phê duyệt lựa chọn nhà thầu thực hiện dự án bằng hình thức chỉ định thầu đối với dự án kết nối giữa đường cao tốc Cầu Giẽ, Ninh Bình với Quốc lộ 1A giai đoạn II và dự án xây dựng đường Hồ Chí Minh đoạn Năm Căn – Đất Mũi, tỉnh Cà Mau giai đoạn II không thuộc đối tượng được chỉ định thầu; dự án tuyến tránh TP Kon Tum, có hồ sơ dự thầu của nhà thầu không nêu rõ xuất xứ vật tư, sai quy định của hồ sơ; dự án đầu tư xây dựng Cầu Cửa Hội bắc qua sông Lam tỉnh Nghệ An và tỉnh Hà Tĩnh) có hồ sơ mời thầu (gói thầu xây lắp) không quy định rõ nội dung và nguyên tắc sử dụng chi phí dự phòng.
Đáng chú ý, Thanh tra Chính phủ đã phát hiện hàng loạt vi phạm trong công tác quản lý thi công, thanh toán, quyết toán vốn đầu tư.
Cụ thể, với dự án thành phần đầu tư xây dựng tuyến đường kết nối giữa cao tốc Cầu Giẽ với quốc lộ 1A (giai đoạn II), chủ đầu tư đã ký hợp đồng xây dựng với nhà thầu bằng hình thức bù trừ giá trực tiếp. Theo thanh tra, việc triển khai như thế này là "không đúng quy định pháp luật".
Dự án tuyến tránh thành phố Kon Tum, tỉnh Kon Tum tại gói thầu số 4, nhà thầu đã không lập, trình chủ đầu tư phê duyệt phương án kỹ thuật khảo sát xây dựng.
Tại dự án nâng cấp, mở rộng tuyến đường nối quốc lộ 1A đến đường cao tốc Đà Nẵng – Quảng Ngãi và đường ven biển tỉnh Quảng Nam, thanh tra phát hiện Bộ GTVT phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công có những nội dung thay đổi so với bước thiết kế khảo sát khi không có phê duyệt điều chỉnh. Nội dung này cũng bị kết luận vi phạm quy định pháp luật.
Dự án tuyến tránh TP Kon Tum, Bộ GTVT cũng phê duyệt thiết kế kỹ thuật và dự toán hai gói thầu sai về cự ly vận chuyển vật liệu, dẫn đến giá trị hợp đồng gói thầu xây lắp tăng sai, tương ứng gần 2,4 tỉ đồng.
Dự án đường Hồ Chí Minh đoạn Năm Căn – Đất Mũi, nhà thầu không thi công một số công việc theo hợp đồng như sửa chữa cầu cũ trị giá 527 triệu đồng; không thi công các hạng mục đảm bảo giao thông, báo hiệu đường sông, trạm điện trị giá 492 triệu đồng…
Dự án đầu tư mở rộng các cầu trên quốc lộ 1A, đoạn qua tỉnh Tiền Giang, Bộ GTVT phê duyệt biện pháp thi công dưới nước không phù hợp thực tế, làm tăng dự toán chi phí 700 triệu đồng.
Với những vi phạm phát hiện trong quá trình thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giảm trừ thanh toán hợp đồng tổng số tiền hơn 8,1 tỉ đồng, tương ứng giá trị các phần việc nhà thầu thực hiện không đúng theo hợp đồng; đồng thời giảm giá trị dự toán số tiền hơn 3,8 tỉ đồng, giảm giá trị hợp đồng thầu xây lắp hơn 3,7 tỉ đồng.
Đặc biệt, kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ GTVT, Bộ KH&ĐT kiểm điểm trách nhiệm việc đề xuất danh mục dự án đầu tư và giao vốn cho các dự án không đúng quy định.
Yêu cầu Sở GTVT Ninh Bình, Ban Quản lý dự án Xây dựng công trình Giao thông tỉnh Ninh Bình sớm chấn chỉnh, khắc phục và xử lý trách nhiệm của tổ chức, cá nhân vi phạm.
Bộ KH&ĐT cần rà soát, nghiên cứu để sửa đổi, bổ sung những quy định còn khác nhau giữa Luật Đấu thầu và Luật Đầu tư công trong đó có nội dung liên quan đến quy định về hồ sơ thầu, đảm bảo áp dụng thuận lợi, đúng quy định.
Đồng thời, Bộ GTVT cần xây dựng, ban hành định mức thi công đóng cọc cừ tràm bằng máy phù hợp với điều kiện thi công cơ giới hiện nay, đảm bảo áp dụng thuận lợi, đúng quy định và kinh tế.
