Phát hiện tăng gần 974 triệu đồng thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp
Ngày 24/9/2026, Thanh tra tỉnh Hưng Yên ban hành Kết luận thanh tra số 126/KL-TTT về việc chấp hành pháp luật và điều kiện sản xuất, kinh doanh, chất lượng thức ăn chăn nuôi và thực hiện nghĩa vụ đối với ngân sách của Công ty Cổ phần Bio Nutrition tại Khu công nghiệp Phố Nối A, xã Như Quỳnh, tỉnh Hưng Yên.
Cuộc thanh tra được thực hiện theo Quyết định số 475/QĐ-TTT ngày 5/8/2026 của Chánh Thanh tra tỉnh Hưng Yên, với thời gian tiến hành thanh tra trực tiếp từ ngày 14/8/2026 đến ngày 11/9/2026.
Theo kết luận, Công ty Cổ phần Bio Nutrition được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu ngày 15/11/2016, mã số doanh nghiệp 0901001305, có vốn điều lệ 150 tỷ đồng. Doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực sản xuất, kinh doanh thức ăn chăn nuôi tại Khu công nghiệp Phố Nối A.
Một trong những nội dung đáng chú ý của kết luận thanh tra là việc thực hiện nghĩa vụ tài chính đối với ngân sách nhà nước trong giai đoạn 2023–2025.
Qua kiểm tra, Thanh tra tỉnh Hưng Yên ghi nhận Công ty Bio Nutrition cơ bản thực hiện việc kê khai, quyết toán thuế và nộp các khoản thuế, lệ phí theo quy định. Trong ba năm 2023–2025, doanh nghiệp đã nộp tổng cộng 9 triệu đồng lệ phí môn bài. Đối với thuế giá trị gia tăng, số thuế phát sinh phải nộp theo hồ sơ là hơn 459 triệu đồng.
Cơ quan thanh tra chưa phát hiện sai phạm trong việc chấp hành pháp luật về thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân đối với các nội dung, thời kỳ được kiểm tra.
Tuy nhiên, đối với thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), kết quả thanh tra đã phát hiện những sai sót trong công tác hạch toán và xác định nghĩa vụ thuế.
Theo báo cáo của Công ty Bio Nutrition, tổng số thuế TNDN phát sinh phải nộp trong ba năm 2023–2025 là 3.776.644.129 đồng, trong đó năm 2023 là 943.641.645 đồng, năm 2024 là 1.287.919.405 đồng và năm 2025 là 1.545.083.079 đồng.
Qua thanh tra, cơ quan chức năng xác định số thuế TNDN phải nộp ngân sách nhà nước tăng thêm so với báo cáo quyết toán của doanh nghiệp là 973.760.157 đồng.
Cụ thể, số thuế tăng thêm của năm 2023 là 3.330.318 đồng và năm 2025 là 970.429.839 đồng.
Nguyên nhân được Thanh tra tỉnh Hưng Yên xác định là doanh nghiệp đã hạch toán các khoản phạt vi phạm hành chính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN không đúng quy định. Bên cạnh đó, việc chuyển số lỗ từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của các năm 2023 và 2024 sang kỳ tính thuế năm 2025 cũng chưa đúng quy định.
Những tồn tại này dẫn đến việc xác định chưa chính xác nghĩa vụ thuế TNDN của doanh nghiệp đối với ngân sách nhà nước.
Trên cơ sở kết quả thanh tra, Chánh Thanh tra tỉnh Hưng Yên kiến nghị thu hồi số tiền 973.760.157 đồng vào tài khoản tạm giữ của Thanh tra tỉnh tại Kho bạc Nhà nước khu vực IV để xử lý, nộp ngân sách theo quy định.
Đồng thời, Thanh tra tỉnh đề nghị Thuế tỉnh Hưng Yên căn cứ các quy định pháp luật để xem xét, xử lý những vi phạm về thuế được phát hiện tại Công ty Bio Nutrition.
Những tồn tại trong kiểm soát chất lượng thức ăn chăn nuôi
Không chỉ phát hiện sai sót về nghĩa vụ tài chính, kết luận thanh tra còn chỉ ra một số tồn tại trong hoạt động kiểm soát chất lượng thức ăn chăn nuôi của Công ty Bio Nutrition.
Theo hồ sơ thanh tra, từ tháng 2/2022, Công ty Bio Nutrition thuê kho xưởng và dây chuyền sản xuất thức ăn chăn nuôi của Công ty TNHH Thái Dương tại Khu công nghiệp Phố Nối A.
Khu vực nhà máy có dây chuyền sản xuất thức ăn chăn nuôi với công suất thiết kế 120.000 tấn/năm, phục vụ hoạt động sản xuất thức ăn chăn nuôi hỗn hợp hoàn chỉnh và thức ăn đậm đặc.
Thanh tra tỉnh Hưng Yên ghi nhận doanh nghiệp cơ bản đáp ứng các điều kiện sản xuất, kinh doanh thức ăn chăn nuôi theo quy định. Công ty đã xây dựng và ban hành hệ thống quy trình kiểm soát chất lượng, thực hiện việc quản lý nguyên liệu, sản phẩm, lưu mẫu và lưu giữ hồ sơ sản xuất.
Doanh nghiệp cũng thực hiện công bố tiêu chuẩn áp dụng đối với 36 nhóm sản phẩm thức ăn chăn nuôi; có hồ sơ chứng nhận phù hợp quy chuẩn và thực hiện công bố thông tin sản phẩm theo quy định.
Tuy nhiên, cơ quan thanh tra chỉ ra rằng tần suất kiểm nghiệm, phân tích một số chỉ tiêu chất lượng sản phẩm chưa được thực hiện thường xuyên, chưa bảo đảm yêu cầu kiểm soát chất lượng theo tiêu chuẩn đã công bố áp dụng.
Các chỉ tiêu được nêu trong kết luận gồm Methionine + Cystine, Threonine, cát sạn, khoáng tổng số và kim loại nặng.
Đây là những chỉ tiêu liên quan đến việc kiểm soát thành phần dinh dưỡng và chất lượng thức ăn chăn nuôi. Việc kiểm nghiệm chưa thường xuyên được cơ quan thanh tra xác định là tồn tại cần khắc phục trong hệ thống quản lý chất lượng sản phẩm của doanh nghiệp.
Đáng lưu ý, kết luận thanh tra không xác định các sản phẩm của Công ty Bio Nutrition không đạt chất lượng hoặc có chứa chất cấm. Nội dung được chỉ ra tập trung vào việc bảo đảm tần suất kiểm nghiệm và thực hiện đầy đủ quy trình kiểm soát chất lượng theo quy định.
Vi phạm quy trình kiểm soát chất thải, bị xử phạt 8 triệu đồng
Bên cạnh những hạn chế về kiểm nghiệm chất lượng sản phẩm, Thanh tra tỉnh Hưng Yên còn phát hiện Công ty Bio Nutrition thực hiện chưa đầy đủ quy trình kiểm soát việc thu gom và xử lý chất thải.
Theo kết luận, Công ty đã xây dựng và ban hành Quy trình QT10-BIO về kiểm soát thu gom và xử lý chất thải kèm theo Quyết định số 01-2023/BIO ngày 3/5/2023.
Tuy nhiên, quy trình này mới đề cập việc kiểm soát thu gom, xử lý rác thải sinh hoạt và chất thải nguy hại, chưa bao quát đầy đủ các loại chất thải phát sinh trong hoạt động sản xuất, gồm chất thải rắn công nghiệp thông thường, nước thải và khí thải.
Đặc biệt, trong năm 2024, doanh nghiệp không thực hiện việc ký hợp đồng thu gom chất thải nguy hại theo nội dung quy trình kiểm soát chất lượng đã ban hành.
Cơ quan thanh tra xác định đây là hành vi thực hiện không đầy đủ các nội dung trong quy trình kiểm soát chất lượng theo quy định pháp luật về chăn nuôi.
Ngày 11/9/2026, Đoàn thanh tra đã lập biên bản vi phạm hành chính số 04/BB-VPHC đối với Công ty Bio Nutrition. Cùng ngày, Thanh tra tỉnh Hưng Yên ban hành Văn bản số 1378/TTT-P6 chuyển vụ việc đến Chi cục Chăn nuôi và Thú y để xem xét, xử lý theo thẩm quyền.
Ngày 15/9/2026, Chi cục trưởng Chi cục Chăn nuôi và Thú y ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty Bio Nutrition, với số tiền 8 triệu đồng.
Đến ngày 17/9/2026, doanh nghiệp đã chấp hành nộp đủ số tiền xử phạt.
Việc xử phạt này cho thấy yêu cầu đối với các doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi không chỉ dừng lại ở việc ban hành quy trình quản lý chất lượng, mà còn phải tổ chức thực hiện đầy đủ các nội dung đã được quy định, trong đó có công tác kiểm soát chất thải phát sinh từ hoạt động sản xuất.
Cơ quan quản lý cũng được yêu cầu rút kinh nghiệm
Đáng chú ý, bên cạnh những tồn tại của Công ty Bio Nutrition, kết luận thanh tra còn đề cập trách nhiệm trong công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động sản xuất thức ăn chăn nuôi.
Theo đó, trong tháng 6/2025, Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Hưng Yên đã thực hiện đánh giá giám sát điều kiện sản xuất thức ăn chăn nuôi đối với Công ty Bio Nutrition.
Tuy nhiên, việc đánh giá được thực hiện theo giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất thức ăn chăn nuôi đã hết hiệu lực và được thay thế bằng giấy chứng nhận mới cấp ngày 15/1/2025.
Cơ quan thanh tra cũng xác định tần suất đánh giá giám sát duy trì điều kiện sản xuất thức ăn chăn nuôi chưa bảo đảm yêu cầu theo quy định.
Từ những tồn tại này, Thanh tra tỉnh Hưng Yên đề nghị Sở Nông nghiệp và Môi trường nghiêm túc rút kinh nghiệm, đồng thời thực hiện việc đánh giá duy trì điều kiện sản xuất thức ăn chăn nuôi theo đúng quy định pháp luật.
Nội dung này đặt ra yêu cầu nâng cao chất lượng công tác quản lý, giám sát đối với các cơ sở sản xuất thức ăn chăn nuôi, bảo đảm việc đánh giá được thực hiện trên cơ sở hồ sơ pháp lý còn hiệu lực và đúng tần suất quy định.
Yêu cầu khắc phục sai phạm, thực hiện nghiêm kết luận thanh tra
Từ kết quả thanh tra, Chánh Thanh tra tỉnh Hưng Yên yêu cầu Công ty Cổ phần Bio Nutrition nghiêm túc rút kinh nghiệm, khắc phục các tồn tại, hạn chế và vi phạm đã được chỉ ra.
Đối với công tác kiểm soát chất lượng, doanh nghiệp phải sửa đổi, bổ sung quy trình thu gom và xử lý chất thải, bảo đảm bao quát đầy đủ các loại chất thải phát sinh trong quá trình sản xuất.
Công ty cũng được yêu cầu tăng cường tần suất kiểm nghiệm, phân tích các chỉ tiêu chất lượng sản phẩm, đặc biệt đối với những chỉ tiêu đã được cơ quan thanh tra chỉ ra, nhằm bảo đảm thức ăn chăn nuôi phù hợp với tiêu chuẩn công bố áp dụng.
Đối với nghĩa vụ tài chính, doanh nghiệp phải thực hiện nghiêm các quy định về kê khai, quyết toán thuế, hạch toán kế toán và nộp số thuế TNDN tăng thêm được xác định qua thanh tra theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền.
Cùng với đó, Thanh tra tỉnh Hưng Yên đề nghị Thuế tỉnh Hưng Yên xem xét xử lý vi phạm về thuế đối với Công ty Bio Nutrition theo quy định pháp luật.
Theo kết luận, Công ty Bio Nutrition và Thuế tỉnh Hưng Yên có trách nhiệm tổ chức thực hiện kết luận thanh tra, báo cáo kết quả bằng văn bản, kèm theo các tài liệu chứng minh, gửi Thanh tra tỉnh Hưng Yên chậm nhất ngày 20/10/2026.
Nâng cao trách nhiệm tuân thủ pháp luật trong sản xuất thức ăn chăn nuôi
Kết luận thanh tra đối với Công ty Bio Nutrition cho thấy, bên cạnh việc bảo đảm điều kiện sản xuất, kinh doanh, doanh nghiệp cần chú trọng hơn đến công tác quản trị nội bộ, kiểm soát chất lượng, quản lý chất thải và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính đối với ngân sách nhà nước.
Trong lĩnh vực sản xuất thức ăn chăn nuôi, chất lượng sản phẩm có tác động trực tiếp đến hiệu quả chăn nuôi, chi phí sản xuất và hoạt động của các cơ sở chăn nuôi trong chuỗi cung ứng nông nghiệp.
Do đó, việc duy trì hoạt động kiểm nghiệm, phân tích chất lượng theo đúng quy định không chỉ đáp ứng yêu cầu pháp luật mà còn góp phần nâng cao tính minh bạch, khả năng truy xuất và trách nhiệm của doanh nghiệp đối với sản phẩm lưu thông trên thị trường.
Đối với quản lý thuế, những sai sót trong hạch toán chi phí và chuyển lỗ khi xác định thu nhập chịu thuế cũng là vấn đề cần được doanh nghiệp quan tâm, nhất là trong bối cảnh yêu cầu minh bạch tài chính và quản trị rủi ro ngày càng được đề cao.
Việc thực hiện đầy đủ các kiến nghị của Thanh tra tỉnh Hưng Yên là cơ sở quan trọng để Công ty Bio Nutrition khắc phục những hạn chế đã được phát hiện, hoàn thiện hệ thống quản lý và nâng cao trách nhiệm tuân thủ pháp luật trong hoạt động sản xuất, kinh doanh.
Đặc biệt, việc xử lý số thuế TNDN tăng thêm gần 974 triệu đồng, khắc phục những tồn tại trong kiểm soát chất lượng và việc chấp hành các kiến nghị sau thanh tra cần tiếp tục được cơ quan chức năng giám sát, bảo đảm kết luận thanh tra được thực hiện đầy đủ, đúng quy định.
